Bu gelişmeler üzerine, İstanbul Büyükşehir Belediyesi, 38 ilgili kurum, kuruluş ve müdürlük ile birlikte tarafımıza; TCCD yönetimi ile İBB yetkilileri arasında Koruma Amaçlı Nazım Ve İmar Planlarının İBB tarafından yapılmasına ilişkin bir protokol imzalandığını ve 1/5000 ölçekli Haydarpaşa Gar Ve Geri Sahası Koruma Amaçlı Nazım İmar planı ile 1/1000 ölçekli Koruma Amaçlı Uygulama İmar planının çalışmalarına başlanıldığını bildirilmiştir.
Ülkemizde koruma planlarının yapım ve onama süreci açık ve yerleşmiş kurallara tabi iken, ülkemiz ve dünya açısından son derece stratejik, lojistik, kentsel, tarihsel ve kültürel değeri olan, aynı zamanda İstanbul'un simgesi haline gelmiş bulunan Haydarpaşa Gar, Liman ve çevresini uluslararası emlak pazarına sürmeye kararlı olan AKP iktidarının emrindeki TCCD yönetimi; 17 Mart 2007 tarihinde İBB yetkilileri ile imzaladıkları protokolle; Amaçlı Nazım ve İmar Planlarının İBB tarafından yapılmasına karar vermişlerdir.
Aynı protokole, "TCDD yönetiminin görüşlerine uyulması","Konsept Tasarımın Seçiminde Danışmanlık, Tasarımcı Önerileri" gibi, koruma planlama ve tasarım hukukumuzda yeri olmayan maddeler eklenmiş ve "Haydarpaşa Gece Yarısı Yasası" olarak bilinen 5234 sayılı yasaya göre, Bayındırlık ve İskan Bakanlığı tarafından onaylanarak yürürlüğe gireceği belirtilmiştir.
Bu çalışmalara başlandığının bildirildiği tarihten altı ay, protokol imza tarihinden on altı ay sonra olan 16 Temmuz 2008 günü; İBB tarafından "1/5000 Ölçekli Haydarpaşa Gar, Liman ve Geri Sahası K.A.N.İ.P. ve 1/1000 Ölçekli Haydarpaşa Gar, Liman ve Geri Sahası K. A.U.İ. P.'na Yönelik Analitik Etüdler, Danışmanlık ve 3-Boyutlu Kent Modelleme hizmet alımı işi" adı altında bir ihale yapılmıştır.
İhale ile aynı tarihte, bizlerin de içinde bulunduğu yaklaşık 100 kurum, kuruluş temsilcileri ve kişi; deneyimli akademisyenlerin moderatörlüğünde, "ortak akıl üretmeyi amaçlayan katılımlı bir planlama yöntemini" denemek ve Haydarpaşa'nın geleceğini birlikte tasarlamak amacı ile tanımlanan bir "Arama Konferansı Toplantısı"na davet edilmiştir. Ancak, bütün talep ve uyarılarımıza karşın; İstanbul V Numaralı Kültür ve Tabiat Varlıklarını Koruma Bölge Kurulunun 26.04.2006 gün ve 85 sayı ile almış olduğu tarihi karar toplantıya sunulmamıştır.